Tenho um capítulo com um nome muito comprido, que fica cortado no cabeçalho. O que posso fazer?

Tem várias opções usando os comandos \chapter e \chaptermark.

A forma completa do comando \chapter é \chapter[texto nos índices]{nome original}. Desta forma, em vez de "nome original" o capítulo é designado por "texto nos índices" nos conteúdos e nos cabeçalhos.

Se pretender mudar o texto que aparece nos cabeçalhos pode usar \chaptermark{texto nos cabeçalhos}.

Estes dois comandos podem resolver o problema do tamanho do nome do capítulo de várias formas:

1. Pode definir uma abreviatura. Por exemplo, \chapter[Nome Curto]{Nome Muito Longo Deste Capítulo}
2. Pode mudar o tamanho da fonte usada. Por exemplo \chapter[\tiny{Nome Muito Longo}]{Nome Muito Longo}
3. Pode dividir o título por várias linhas: \chapter[Nome Muito Longo\\ Deste Capítulo]{Nome Muito Longo Deste Capítulo}. Neste caso terá também de usar \chaptermark{\protect\parbox{0.5\linewidth}{Nome Muito Longo\\ Deste Capítulo}} e ajustar manualmente o valor 0.5 em 0.5\linewidth.

As tabelas e as figuras são uma grande confusão. Qual é a diferença entre table e tabular e entre figure e \includegraphics?

Os ambientes table e figure servem para posicionar uma tabela ou (respetivamente) uma figura no documento e para criar as entradas nas listas de tabelas e figuras do preâmbulo.

A tabela propriamente dita é definida com o ambiente tabular, que não tem obrigatoriamente de estar "embrulhado" numa table e a figura é importada com o comando \includegraphics ou definida num ambiente tikzpicture que, do mesmo modo, não têm obrigatoriamente de estar "dentro" de uma figure.

Por exemplo,

\begin{table}
  \caption{Indexar na lista de tabelas e posicionar no documento}

  O que está aqui não tem de ser obrigatoriamente uma tabela. Pode ser este texto, ou uma equação
  \[
     e^{i \pi} = -1
  \]

\end{table}

A seguir temos uma tabela que se comporta como se fosse uma palavra no meio deste parágrafo.
\begin{tabular}{cc}
  A & B \\
  0 & 1
\end{tabular}
A tabela anterior não é indexada na lista de tabelas porque não está "embrulhada" numa "table".

Preciso usar um package que não faz parte do modelo teseue. Como faço?

Deve incluir esse package usando o comando \tuePREAMBULOLATEX{} sem modificar o ficheiro teseue.cls. Por exemplo,

% ----------------------------------------------------------------
%
%   PREAMBULO
%
%   Comandos e definições para o LaTeX que devem estar **antes**
%   do texto do documento.
%
\tuePREAMBULOLATEX{
  \usepackage{longtable} % para tabelas que não cabem numa página
  \usepackage{abc} % para pautas musicais
}
%
% ----------------------------------------------------------------